Le microbiote intestinal est largement connu et étudié pour ses bactéries et leurs effets sur notre santé. Ce dernier se compose également d’autres micro-organismes tels que les virus. Les scientifiques du Wellcome Sanger Institute ont récemment identifié un génome de plus de 140 000 virus différents, qui se développent tous dans notre intestin !
Ces virus ne constituent pas une menace directe pour les cellules humaines car ce sont des bactériophages, des virus qui n’attaquent que les bactéries. Cette collection, connue sous le nom de Gut Phage Database, est actuellement la plus détaillée à ce jour, car la moitié des virus identifiés étaient auparavant inconnus.
Des informations uniques sur les virus intestinaux humains
Pour les identifier, les scientifiques ont effectué une analyse métagénomique, c’est-à-dire qu’ils ont classé et regroupé tous les génomes présents dans un échantillon ou une base de données. Ici, plus de 28 000 métagénomes de microbiote humain sain ont été disséqués. Par conséquent, les 142 809 bactériophages identifiés ici ne sont connus que pour leur matériel génétique.
Cette description est forcément incomplète, car l’ensemble du génome n’a pu être assemblé que pour moins de 10 % d’entre eux, mais donne néanmoins quelques informations sur leur biologie et les liens qu’elles entretiennent avec les bactéries. Il semble donc que la plupart des phages soient capables d’infecter plusieurs types de bactéries, parfois phylogénétiquement très éloignés.
Les chercheurs ont également observé des différences dans la composition des viromes intestinaux en fonction du mode de vie et de l’origine des échantillons analysés. Par exemple, les personnes vivant en Amérique du Nord, en Europe et en Asie ont un virome intestinal similaire, mais il est très différent de celui des personnes vivant en Afrique et en Amérique du Sud.
« La recherche sur les phages connaît actuellement une renaissance. »Trevor Lawley, scientifique et directeur de cette recherche au Wellcome Sanger Institute, a conclu que « ce catalogue de grande qualité et à grande échelle de virus intestinaux humains servirad’exemple pour guider l’analyse écologique et évolutive dans les recherches futures sur les viromes ».
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